L'annexe D du TCE contient un mécanisme, suivant de près le modèle de l'OMC, permettant de régler les différends commerciaux (liés aux obligations énoncées aux articles 5 et 29 du TCE) entre les parties contractantes, à condition qu'au moins l'une d'entre elles ne soit pas un accord GATT / OMC. membre. En 1999, la conférence a adopté le Règlement de procédure des débats (CCDEC1999 13), selon lequel le Secrétariat est chargé d’assister les groupes spéciaux, en particulier pour les aspects juridiques, historiques et procéduraux des questions traitées, ainsi que pour les services de secrétariat et de support technique.